¿Alguien tiene experiencia corriendo cPanel sobre FreeBSD?

En la página de cPanel parece que está soportado totalmente...

Parece ser que está soportado. Tiempo atrás en la página de cPanel decían que no era recomendado utilizarlo por que podía traer muchos errores, pero han eliminado esa parte.

Mi recomendación es que lo intentes, aunque siempre puedes ir a lo seguro con CentOS.

__________________
ALOJASITIOS.COM: Hosting, Reseller y más...!
Tu propio Servidor VPS, en español. :: Tan sólo u$s35/mes.
>> 5983-9539 (Ext. #810) l Certificación HostingCertificado l +500 sitios web.

Es verdad,

cPanel está soportado para FreeBSD pero no corras riesgos innecesarios ya que CentOS lleva muchos años corriendo cPanel sin problemas y FreeBSD no, puede dejarte colgado el servidor con algunas aplicaciones a mitad de proyecto.

Consulta directamente con el proveedor y mira que versión de cPanel vas a contratar, si tiene mantenimiento 24x7.

Saludos.